Ce n'est pas un paradoxe, c'est que Star Trek n'est pas toujours cohérent. Vous trouverez d'autres incohérences tout au long des séries et des films, surtout vis à vis de la première série (la plus célèbre étant l'aspect des Klingons qui changent entre la série et les films, ce qui n'aura aucune explication, sauf un clin d'oeil dans DS9, jusqu'à Enterprise)
Vous en aurez aussi entre STTNG et DS9 (par exemple, les Trills de STTNG ne sont pas ceux de DS9 mais ont l'aspect de la Parfaite Compagne, épisode 521, du peuple de Cryos)
Pavel Chekov n'apparait qu'à partir de la saison 2 de STOS (on dit pas classique, STC est réservé pour les films avec Kirk, la première série c'est Original Serie) mais dans la Vengeance de Khan, c'est oublié.
YLB, tu as tout faux, une espèce n'évolue pas à ce point en 10 ans, même pas en 100 ans (STTNG se passe 80 ans après STOS, McCoy est toujours vivant, il est présent dans le pilote de STTNG). Et les Klingons d'origine sont ceux qu'on voit à partir des films STC.
Dans DS9, dans le fameux épisode qui se passe dans un épisode de STOS (sur les tribbles), on voit Bashir et O'Brien être étonné de l'aspect des Klingons et Worf qui refuse d'expliquer en disant que c'est la plus grande honte de son peuple (c'était un clin d'oeil aux fans qui voulaient une explication et l'équipe des auteurs qui ne voulaient pas en donner). Finalement, dans Enterprise (mais j'ai juste survolé), il me semble qu'ils donnent l'explication : une manipulation génétique a crée les klingons de STOS.